SQLServer2005 をインストールすると名前の無いデフォルトのインスタンスが作成されます。そのインスタンスへデータベースを作成していくのですが、開発用データベースの場合は、データベースが多くなりすぎてしまいますし、担当者以外の人も操作出来てしまいます。サーバーの台数に限りはあるし、仮想環境にしてもライセンス問題があるので単独環境は難しい。
そのときは、同一サーバー上にインスタンスを分けて SQL Server をインストールすることで別々の環境にしてます。

インスタンス作成方法

インスタンスを分けるには SQL Server 2005 のインストールを通常通り開始します。
インストールするコンポーネントの選択で下記をチェックします。

・SQL Server データベース サービス
・Analysis Services（使う場合のみ）
・Reporting Services（使う場合のみ）

既定のインスタンスは使用せず、インスタンス名を指定します。

インストールが終了すると指定したインスタンス名で新たにサービスが追加され、SQLServer のサービスが複数起動されてるはずです。
SQLServer へアクセスするときは、「サーバー名\インスタンス名」でアクセスします。
なお、SQLServer2000 でも複数インスタンス作成できます。

関連

SQLServer2005：クライアントからの接続
SQLServerインスタンスをファイアウォールの例外として追加する

参考

SQL Server ライセンス早わかりガイド
Microsoft SQL Server : SQL Server 2000 プロセッサ ライセンスを改定 – よりシンプルによりわかりやすくなったライセンス形式