SSISはインスタンスの区別はなく、インストールしたサーバーに１つだけとなります。サービスとしてはひとつですが、Integration Services のプログラムは各インスタンス別に分けることができます。
しかし、SQL Server Management Studio で接続した際に表示される格納されたパッケージ内はなにも見えません。
個々のインスタンス別に表示したいときは、構成ファイルを編集する必要があります。
構成ファイルは、%ProgramFiles%\Microsoft SQL Server\90\DTS\Binn フォルダにある MsDtsSrvr.ini.xml です。
もし、「INST_A」と「INST_B」という２つのインスタンスを表示したい場合は、下記のようにします。
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<DtsServiceConfiguration
xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
<StopExecutingPackagesOnShutdown>true</StopExecutingPackagesOnShutdown>
<TopLevelFolders>
<Folder xsi:type="SqlServerFolder">
<Name>MSDB_INST_A</Name>
<ServerName>ServerName\INST_A</ServerName>
</Folder>
<Folder xsi:type="SqlServerFolder">
<Name>MSDB_INST_B</Name>
<ServerName>ServerName\INST_B</ServerName>
</Folder>
<Folder xsi:type="FileSystemFolder">
<Name>File System</Name>
<StorePath>..\Packages</StorePath>
</Folder>
</TopLevelFolders>
</DtsServiceConfiguration>
構成ファイルを編集したら「SQL Server Integration Services」サービスを再起動します。
起動後に SQL Server Management Studio で接続すると、上記で設定した「MSDB_INST_A」と「MSDB_INST_B」が「格納されたパッケージ」に表示されてるはずです。
参考：
Integration Services サービスの構成