お疲れ様です！最近、WindowsでもiCloud同期を使うようになったのですが、そのあとからブックマークが重複したり、削除したのに倍に復活したりでどんどん増えていきどうにもならなくなったので直してみました。今のところ増える現象は発生していません。ここでは macOS をメイン機、Safariをメインブラウザとして作業しますが、ブックマークをエクスポート、インポート出来る端末、ブラウザをメイン端末のメインブラウザとしてください。
iCloud 同期の解除
同期している全ての端末で「ブックマーク」の解除をします。
macOS
システム環境設定の「iCloud」で「Safari」のチェックを外します。
iOS
設定の「Apple ID, iCloud, iTunes StoreとApp Store」で「iCloud」の「Safari」のチェックを外します。
この時、iPhone内の情報は削除します。
Windows
Windowsでは「iCloud」デスクトップアプリを起動し、「ブックマーク」のチェックを外します。この時、同期していたブラウザの拡張機能の削除を促されるので削除します。
ブックマークの整理（削除）
１台だけ残して全ての端末、ブラウザのブックマークを削除します。
私はmacOSのSafariだけを残し全てを削除しました。
残したブックマークを整理してエクスポートしておきます。
エクスポート出来たら残りのブックマークも全て消します。
iCloud 同期
メイン機でiCloudの同期を開始します。
念のため、もう一つ別の端末も同期してみます。
しばらく待ってもブックマークが空の状態なら問題なくクリアされているので、メイン機のメインブラウザでエクスポートしたブックマークをインポートします。
しばらくすると、もう一つの端末にも同期されます。
今のところこの手順で増える現象は発生していません。